Finalmente he conseguido hacer el diccionario sin errores, o al menos que el script no muestre una salida con errores.

Tan sólo hay que seguir las instrucciones del autor, pero, aunque parezca tan obvio, no lo había hecho.
Todo está en la web del script:
http://www.albertopettarin.it/penelope.html

Para llevarlo a cabo he necesitado hacer:

- Conseguir MARISA: Matching Algorithm with Recursively Implemented StorAge (http://code.google.com/p/marisa-trie/) que es el algoritmo que permite leer y crear los diccionarios kobo. Pero en una versión compilada para windows. Se puede conseguir de http://www.mobileread.com/forums/attachment.php?attachmentid=96659&d=1353620060) O desde su hilo en mobileread (http://www.mobileread.com/forums/showthread.php?t=196925 )
Se descarga y descomprime por ejemplo dentro de la carpeta de penelope.

- Editar el archivo penelope.py (si usamos Phyton 2) o penelope3.py (si usamos Python 3) cambiando los valores de las variables MARISA_BUILD_PATH y MARISA_REVERSE_LOOKUP_PATH.

Os muestro como lo tengo yo para que sirva de ejemplo:

Código:
MARISA_BUILD_PATH="C:\penelope120dictzip-marisa\marisa\marisa-build.exe"
MARISA_REVERSE_LOOKUP_PATH="C:\penelope120dictzip-marisa\marisa\marisa-reverse-lookup.exe

- Y dictzip que he recogido de la aplicación DictUI . El archivo a descargar es dictui-0.1.0-bin.7z. De ese archivo he extraído a la carpeta de penelope, el ejecutable "dictzip.exe" (y le he añadido las librerías "cygwin1.dll" y "cygz.dll" por si fueran necesarias). Si no tiene dictzip, lo deja decomprimido.

Si alguien lo quiere todo junto, lo he puesto en éste archivo. Tan sólo habría que modificar los valores de las variables de marisa. Yo lo he dejado para descomprimirlo sobre C:\ y funcionar, pero si lo descargáis, revisarlo sería lo mejor.

Pues bien una vez con todo eso, en la carpeta que tengamos el penelope, copiamos también el archivo del diccionario a convertir. En mi caso el miniDRAE de Norishen, un diccionario stardict con tres archivos: drae.dict. drae.ifo y drae.idx

Abro un terminal (cmd) y ejecuto la siguiente instrucción:

penelope.py -p drae -f es -t es --output-kobo

siguiendo la ayuda de la web tenemos lo que es cada argumento:

Cita Iniciado por http://www.albertopettarin.it/penelope.html 
$ python penelope.py -p <prefix list> -f <language_from> -t <language_to> [OPTIONS]
Required arguments:
-p <prefix list> : list of the dictionaries to be merged/converted (without extension, comma separated)
-f <language_from> : ISO 631-2 code language_from of the dictionary to be converted
-t <language_to> : ISO 631-2 code language_to of the dictionary to be converted

Bueno, que dejo los archivos convertidos para que quien lo desee, pueda verlo, probarlo o lo que sea: miniDRAEbyNorishen4Kobo
Y por hoy no pierdo más tiempo.

PD: Es muy curioso el encabezamiento del que creo es el índice del diccionario (archivo words): pone exactamente "We love Marisa". Curioso.

Tutorial de jotam de lectoreelectronicos.com

 pack con los archivos necesarios para penelope 2